Mısır'da Hüsnü Mübarek'in görevden ayrılmasının ardından geçici hükümet kuruldu, 28 Kasım 2011'de Halk Meclisi seçimleri yapıldı. Seçimlerde Müslüman Kardeşler'in siyasi kanadı olan Hürriyet ve Adalet Partisi oyların yüzde 47'sini aldı.

508 sandalyeli Mısır Halk Meclisi'nde Müslüman Kardeşler 235 milletvekili kazandı. Müslüman Kardeşler'in siyasi kanadı olan Hürriyet ve Adalet Partisi'nin adayı Muhammed Mursi, 16-17 Haziran 2012'de yapılan Mısır cumhurbaşkanlığı seçimlerinde ise toplam oyların yüzde 51,73'ünü alarak seçimleri kazandı. Böylece 30 Haziran 2012 tarihinde göreve gelen Mursi, Mısır'ın beşinci ve seçilmiş ilk cumhurbaşkanı oldu.

Ordunun ve dış güçlerin tüm bölme ve yıpratma politikalarına rağmen İslâmî partiler seçimlerde büyük bir başarı kaydetti. İslâmî partilerin söz konusu başarıları neticesinde iç ve dış odaklar harekete geçti. Ordu, halkın tek yürek ve tek güç hâlinde bulunduğunu görünce bir süre arka plana çekildi. Ancak gizliden gizliye her oluşumun kendi isteklerini tetikleyerek bölünmelere yol açma girişimlerinde bulundu. Örneğin, devrim sürecinde ittifak halinde bulunan İslâmî oluşumlar arasında bir mücadele başladı. Mısır'da her şeyhin ya da âlimin bir siyasi parti kurması durumu ortaya çıktı. Bilhassa Mübarek döneminde partileşmelerine kesinlikle müsaade edilmeyen bazı grupların, İhvan-ı Müslimin'in önünü kapatmak için parti kurmalarına izin verildi, hatta teşvik edildi. Ordunun ekonomik kaynakları elinde bulundurmasının da avantajıyla çeşitli yapay krizler üretildi, Sina bölgesinde bazı oyunlar tezgâhlandı ve askerî müdahaleye zemin hazırlandı.

Mursi'yi zor günler bekliyordu. Kimi zaman ona karşı protestolar düzenleniyor kimi zaman yargı tarafından yapacağı yenilikler engelleniyordu. Mursi, Yüksek Askeri Konseyi Başkanı Tantavi'nin artık emekli olması gerektiği yönünde karar aldığını açıkladı. 1 Aralık 2012'de iki aşamalı anayasa referandumuna gidildi. Referandum birinci kısımda yüzde 57, ikinci kısımda yüzde 64 "evet" oyuyla kabul edildi. Bu sonuçlarla birlikte Tahrir Meydanı, laik, seküler ve sosyalist protestocularla doldu. Ülkedeki tartışmaların ve protestoların artmasıyla beraber 1 Temmuz 2013'te Mısır Ordusu, Mursi'ye olayları çözmek için 48 saatlik süre verdi. 48 saatlik sürenin sonunda Cumhurbaşkanı Muhammed Mursi'nin görevden alındığı açıklandı.

Cumhurbaşkanı Muhammed Mursi her ne kadar seçimlerde yüzde 52 oy almış olsa da sadece bir yıl görevde kalabildi. Görevde bulunduğu süre zarfında başta iktisadi ve siyasi olmak üzere hemen her destekten mahrum bırakıldı. Görevden uzaklaştırıldığı 3 Temmuz'dan aylar önce kamu kurum ve kuruluşları, yargı ve medya gibi çok sayıda alanda kendisine yönelik karşıt kampanyalar başladı. Ordu içinde ve emniyette kendisine destek verecek unsurların yeterince bulunmamasından hareketle iktidardan uzaklaştırıldı.

Cumhurbaşkanı Mursi, yapılan hiçbir suçlama ve alınan kararı kabul etmediğini, sonuna kadar söylediklerinin ve yaptıklarının arkasında duracağını belirtti. Özgürlüğü belki de tüm umutlarını kaybedecek olan halk, Rabia meydanında büyük bir direnişe başladı. Protestoların başlamasıyla birlikte, Mısır Ordusu karşı saldırıya geçti. İlk olarak 8 Temmuz günü Kahire Cumhuriyet Muhafızları binası önünde oturma eylemi gerçekleştiren protestoculara silahla karşılık vererek 50'den fazla insanın katledilmesine sebep oldular. Ardından 17 Temmuz günü Rabia Camii'nin önünde bulunan darbe karşıtı 80 kişi saldırılarda hayatını kaybetti.

Mısır ordusu 11 Ağustos'ta yapılan protestoların devam etmesiyle halka nota vererek tüm meydanların boşaltılmasını istedi. Halk darbeye karşı koymaya devam etti. Mısır Ordusu, 14 Ağustos günü halka tekrar saldırmaya başladı. Protestocuların çadırları, yaşadıkları alanlar, kullandıkları seyyar hastaneler ateşe verildi. Olağanüstü hal ilan eden askerler, katlettikleri insanların cesetlerini yok etmek için önce ezdiler sonra da yaktılar. Askerler muhaliflerin sığınmak için kullandıkları Rabia Camisi'ni yaktılar. Ardından içlerinde çocuk ve kadınların da bulunduğu 700 protestocu Kahire'deki Fetih Camii'nde bir gün boyunca esir kaldı. Rabia Meydanı direnişinde sayıları tam bilinmese de binlerce insan hayatını kaybetti.

Yine olaylarda İhvan liderlerinden Muhammed Biltaci'nin 17 yaşındaki kızı Esma da keskin nişancılar tarafından katledildi. Şapkalı bir kişinin Esma'yı sarı çantayla işaretlediği, ardından keskin nişancının tetiğe basararak bölgeden uzaklaştığı anlar kameralara yansıdı.

Mısır'daki askeri darbeyi yapanlar dış ülkelerin desteğine sahipti

Mısır'daki askeri darbeyi yapanlar, Körfez ülkelerinin çoğunluğu, siyonist işgal rejimi ve Ürdün gibi ülkelerin desteğine sahipti. Bu yüzden darbe sonrası İhvan karşıtlığının özellikle Suudi ve BAE'de bölgesel politikaya dönüşmesi tesadüfi değildi. Katar ve Türkiye istisna edilecek olursa BM, AB, ABD ve genel olarak Batı, daha ilk günden Sisi yönetimini kabullenir açıklamalar yaptı. Mısır, bir yıllık sivil yönetimin ardından tekrar asker tarafından yönetilmeye başlandı.

14 Ağustos 2013'ten bu yana en az 60 bin insanın zindanlara atıldığı ifade edildi. Yargılamalar günümüze kadar devam ediyor.

Görevden alınan Muhammed Mursi de Hamas lehine casusluk yapmak, İran'a ülkenin gizli belgelerini vermek ve İttihadiye Sarayı önünde göstericileri öldürmek bahaneleriyle suçlandı.

Mursi, gördüğü işkence ve sağlık şartlarının sağlanmaması nedeniyle 17 Haziran 2019'da mahkeme salonunda şehadete erişti.